Đảng / Đoàn thể

• Đảng Uỷ
• Hội đồng Trường
• Công đoàn Trường
• Đoàn Thanh niên - Hội Sinh viên
• Hội Cựu chiến binh
• Hội Cựu Giáo chức

Phòng ban chức năng

• Phòng Chính trị và Công tác sinh viên
• Phòng Đào tạo Đại học
• Phòng Đào tạo Sau đại học
• Phòng Kế hoạch, Tài chính và Cơ sở Vật chất
• Phòng Khảo Thí và Bảo đảm chất lượng giáo dục
• Phòng Khoa học Công nghệ - Hợp tác Quốc tế
• Phòng Tổ chức, Hành chính, Thanh tra và Pháp chế

Bệnh viện

• Bệnh viện Trường ĐH Y - Dược Huế

Khoa

• Khoa Cơ bản
• Khoa Dược
• Khoa Đào tạo Quốc tế
• Khoa Điều dưỡng
• Khoa Răng Hàm Mặt
• Khoa Y học Cổ truyền
• Khoa Y tế Công cộng

Trung tâm / Viện

• Trung tâm Công nghệ Thông tin
• Trung tâm Thông tin - Thư viện
• Trung tâm Y học Gia đình
• Viện Đào tạo và Bồi dưỡng cán bộ y tế
• Viện nghiên cứu Sức khỏe cộng đồng
• Viện Y Sinh học

Bộ môn

• Bộ môn Chẩn đoán hình ảnh
• Bộ môn Da Liễu
• Bộ môn Di truyền Y học
• Bộ môn Dược Lý
• Bộ môn Gây mê hồi sức và Cấp cứu
• Bộ môn Giải phẫu - Phẫu thuật thực hành
• Bộ môn Hoá sinh
• Bộ môn Huyết học
• Bộ môn Ký sinh trùng
• Bộ môn Mắt
• Bộ môn Miễn dịch - Sinh lý bệnh
• Bộ môn Mô phôi, Giải phẫu bệnh và Pháp y
• Bộ môn Ngoại
• Bộ môn Nhi
• Bộ môn Nội
• Bộ môn Phụ sản
• Bộ môn Phục hồi chức năng
• Bộ môn Sinh lý
• Bộ môn Tai Mũi Họng
• Bộ môn Tâm thần
• Bộ môn Truyền nhiễm - Lao
• Bộ môn Ung bướu
• Bộ môn Vi sinh