Trường Đại học Y Dược - Đại học Huế có sứ mạng đào tạo nguồn nhân lực ngành Y-Dược ở trình độ đại học và sau đại học, nghiên cứu khoa học và ứng dụng các thành quả nghiên cứu vào đào tạo và khám chữa bệnh nhằm đáp ứng nhu cầu chăm sóc, bảo vệ sức khỏe cho nhân dân khu vực miền Trung - Tây Nguyên và cả nước; trở thành trường đại học theo định hướng nghiên cứu.