Trong 50 năm qua đặc biệt 19 năm (1989-2007) thực hiện chủ trương của Bộ Y tế, Bộ Giáo dục và Đào tạo về việc đổi mới nền giáo dục, nhằm đưa nền giáo dục Đại học nước ta hòa nhập với Giáo dục của các nước trong khu vực và trên thế giới. Trường Đại học Y Dược Huế là một trong những trường Y Dược của cả nước sớm triển khai sự nghiệp đổi mới này. Trọng tâm của sự đổi mới là: Đổi mới mục tiêu, nội dung, chương trình đào tạo, đổi mới phương pháp dạy và học, đổi mới phương pháp đánh giá nhằm giữ vững và nâng cao chất lượng đào tạo, đa dạng hóa các loại hình đào tạo, đáp ứng dần yêu cầu của sự nghiệp chăm sóc và bảo vệ sức khỏe của nhân dân trong khu vực cũng như cả nước.

1.1. Loại hình và quy mô đào tạo
Đào tạo Sau Đại học tại Trường Đại học Y Dược Huế ngày càng đa dạng hóa cả chuyên ngành đào tạo, nơi đào tạo và hình thức đào tạo đặc biệt từ năm 2000 trở lại đây.
1.2. Nghiên cứu khoa học
1.2.1. Thực hiện đề tài
Song song với việc học tập để hoàn thành các chứng chỉ chung, cơ sở, hỗ trợ và chuyên ngành thì đại đa số học viên sau đại học phải thực hiện đề tài nghiên cứu khoa học với thời lượng khác nhau tuỳ chuyên ngành từì 12 ĐVHT đến 25 ĐVHT tương đương với 180  đến 375 tiết.
Các đề tài khoa học của các học viên được thực hiện  sau khi đã thông qua đề cương nghiên cứu  tại các Hội đồng  cấp Bộ môn và cấp Trường. Thời gian thực hiện đề tài của các học viên tối thiểu là một năm  đối với chuyên khoa cấp I Y tế công cộng, chuyên khoa cấp II, cao học,bác sĩ nội trú bệnh viện, còn nghiên cứu sinh từ 2-3 năm.
Các đề tài nghiên cứu khoa học của các học viên đúng tiến độ chiếm  99,21%. Điều này cũng nói lên sự nghiêm túc của các học viên và sự chu đáo đôn đốc của các Bộ môn liên quan và quý thầy cô hướng dẫn cũng như theo dõi quản lý sát sao của các chuyên viên Sau Đại học.
Mãi sau 31 năm thành lập Trường (1957) mới đào tạo Sau Đại học đến nay đã có 19 năm đào tạo Sau Đại học (từ 1989 đến năm 2007), trong khoảng thời gian đó số đề tài nghiên cứu khoa học của các học viên đã bảo vệ thành công là 1254 trong đó Chuyên khoa cấp I Y tế công cộng là 468 (37,32%) , Chuyên khoa cấp II 171( 13,63%), Bác sĩ nội trú bệnh viện 110 ( 8,77%) , Cao học 492 (39,23%) và Tiến sĩ 13 (1,05%). Trước khi bảo vệ Trường đã thành lập Hội đồng kiểm tra số liệu, vật liệu, tài liệu tham khảo cũng như hình thức luận văn luận án bao gồm đại diện Ban giám hiệu,  Phòng Đào tạo, giáo vụ phụ trách Sau đại học của các Bộ môn liên quan. Hầu hết các đề tài đều được góp ý thông qua tại Bộ môn trước khi giao nộp cho Phòng đào tạo Sau Đại học. Như vậy,/ nhà Trường đã thực hiện đúng các quy trình thực hiện luận văn luận án trong suốt thời gian qua.
1.2.2.Các hướng nghiên cứu theo loại hình đào tạo
            Các hướng nghiên cứu rất đa dạng và phong phú ngay trong từng chuyên ngành đào tạo, đi vào nhiều khía cạnh hay lĩnh vực chuyên môn khác nhau của mỗi học viên với kết quả cụ thể như sau:
            - Chuyên khoa cấp I Y tế công cộng: Với số lượng đề tài là 468, được thực hiện ở 12 tỉnh thành gồm Thanh Hóa, Quảng Trị, Thừa Thiên Huế, Đà Nẵng, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Bình Định, Phú Yên, Khánh Hòa, Kontum, Lâm Đồng và Long An. Các đề tài cũng rất đa dạng và phong phú xoay quanh 38 chủ đề, các học viên đã bám sát thực tế của địa phương mình trên những vấn đề nghiên cứu mang tính thiết của tỉnh nhà. Các chủ đề  thường gặp đó là thai nghén - tử vong mẹ và KHHGĐ 8,1%, suy dinh dưỡng 7,9%, sốt rét 7,3%, mô hình bệnh tật của các bệnh viện 6,6%,  hoạt động của các Trạm Y tế 6,2%, kế sau đó là Dược và cung ứng dựơc cũng như ký sinh trùng đường ruột, tiêu chảy 5,1% rồi đến bệnh lao và bụi phổi 4,0%, tiêm chủng mở rộng 3,4%, da liễu 2,9%, y tế tư nhân 2,3%, còn những vấn đề còn lại ít hơn đó là ngộ độc, y đức, thể lực, vệ sinh môi trường, thuốc nam, phục hồi chức năng, bệnh về mắt, tai nạn giao thông, giám định y khoa, nhiễm HIV -AIDES, tàn tật, bệnh lý tâm thần, nguồn nhân lực y tế, đào tạo cán bộ y tê,ú chăm sóc sức khỏe ban đầu, truyền thông giáo dục sức khỏe, tăng huyết áp, bệnh lý răng miệng, bảo hiểm y tế, y học cổ truyền, bệnh bướu giáp -thiếu hụt iod, sốt xuất huyết... Từ đó đã có những đề xuất xác đáng mang tính khoa học cho y tế địa phương nhằm giải quyết những vấn đề cấp thiết đó.
            - Chuyên khoa cấp II: Đã thực hiện 171 đềì tài gồm 22 lĩnh vực trong đó nhiều nhất là quản lý y tế 71 đề tài đứng đầu là vấn đề dinh dưỡng, hoạt động các trạm y tế và mô hình bệnh tật đều 12,67%, rồi đến tai nạn giao thông, nhiễm HIV-AIDES 8,4%, các yếu tố nguy cơ 7,04% còn các vấn đề khác ít hơn đó là dược, viện phí, y học cổ truyền, tiêm chủng mở rộng, kế hoạch hóa gia đình, sốt xuất huyết, cán bộ y tế, phục hồi chức năng, tăng huyết áp, chăm sóc sức khỏe ban đầu, nhiễm trùng ký sinh trùng, làm mẹ an toàn, thiếu hụt iod...Sau đó là Ngoại tiêu hóa 19 đề tài, Nội tim mạch 16, Nội thận, Phụ khoa đều 10, Nhi tim mạch 9, Nhãn khoa 7, Nội tiêu hóa 5, chuyển đổi 14 còn các chuyên ngành khác ít hơn.
            - Cao học và bác sĩ nội trú bệnh viện: Đã thực hiện hoàn thành 602 đề tài. Đại đa số học viên nội trú bệnh viện được chuẩn hóa thành cao học chỉ trừ Nội trú Nhãn khoa và Tai Mũi Họng. Đề tài cũng rất đa dạng và phong phú tùy theo từng chuyên ngành cụ thể như sau:
  + Nội khoa: Gồm 196 đề tài trong đó Nội tiết chuyển hóa chiếm 20,04%, Tim mạch 19,89%, Tiêu hóa 18,87%, Thần kinh 13,77%, Hô hấp 12,75%, Thận - Tiết niệu 10,2%, còn các chuyên khoa khác ít hơn.
  + Ngoại khoa: gồm 140 đề tài  trong số đó chủ yếu là các vấn đề liên quan ngoại Chấn thương chỉnh hình - bỏng 35%, Ngoại tiêu hóa 26,4%, Ngoại tiết niệu 16,4%, còn lại thì ít hơn đó là ung bướu,tim mạch, thần kinh, hô hấp,...
  + Sản phụ khoa: Có 85 đề tài trong đó liên quan đến thai nghén 28,23%, sau đó là nhiễm trùng 11,76%, u 10,58%, phẫu thuật 9,4%, vô sinh- phụ khoa  đều 7,04%, còn các vấn đề khác ít hơn đó là chữa trứng, tai biến sản khoa, sản giật, tránh thai, tim mạch trong sản khoa, mãn kinh...
  + Nhi khoa: Gồm 76 đề tài trong đó chủ yếu là nghiên cứu về các bệnh lý hô hấp 22,36%, thần kinh 17,1%, dinh dưỡng 15,78%, tiêu hóa 14,47%, sơ sinh 6,57%, tim mạch 6,57%, tiêm chủng mở rộng, huyết học đều 5,26% và dị tật chỉ 1,37%.
  + Y tế công cộng: Gồm 67 đề tài trong đó đi sâu nghiên cứu các lĩnh vực tiêu chảy, sức khỏe sinh sản đều 14,9%, sau đó là mô hình bệnh tật 10,44%, sức khỏe môi trường 7,5%, nhiễm trùng-lao-AIDES, sốt rét đều  5,96% còn các vấn đề khác như  SDD, tim mạch, khuyết tật, tiêm chủng mở rộng, thể lực, tai nạn, kí sinh trùng đường ruột, sốt xuất huyết, bại não, mãn kinh, nội tiết, tai mũi họng...ít hơn.
  + Y học chức năng mới chỉ có 9 đề tài nhưng cũng đề cập chủ yếu là những vấn đề sinh hóa, thăm dò là chính.
  + Nội trú nhãn khoa thực hiện 3 đề tài liên quan glôcôm, loét giác mạc và xuất huyết tiền phòng.
            - Nghiên cứu sinh: Đã bảo vệ thành công 13 nghiên cúu sinh đều được đánh giá cao trong đó có 6 đạt loại xuấït sắc. Các đề tài đi sâu nghiên cứu những lĩnh vực mang tính thời sự về Thận tiết niệu (4), Tim mạch (4), Nội tiết (2) , Tiêu hóa (2) và Truyền nhiễm -HIV (1).
Tóm lại, các đề tài đi sâu tìm hiểu các vấn đề liên quan giữa lâm sàng, các khía cạnh cận lâm sàng hiện đại. Đã có một số đề tài nghiên cứu về hiệu quả điều trị cũng như tìm hiểu các yếu tố nguy cơ hay liên quan để nhằm dự phòng hiệu quả hơn cho cộng đồng.
1.2.3.Kết quả
            Kết quả chấm luận văn luận án cho thấy số đạt loại xuất sắc chiếm 11,0%, ( 138/1254), loại giỏi 88,52% (1110/1254) , khá là  0,48% (6/1254).
1.2.4. Giải thưởng
            Trong 19 năm qua với số lượng đề tài đa dạng và phong phú, các học viên cùng với cán bộ hướng dẫn đã tham gia nhiều báo cáo trong các Hội nghị khoa học trong và ngoài. Nhất là từ năm 2000 trở lại đây đã gặt hái được một số thành công nhất định cụ thể như sau:
            - Năm 1999 tại Hội nghị Khoa học Công nghệ tuổi trẻ  toàn quốc đạt 1 giải nhất về đề tài Hình thái- thể tích bướu giáp (học viên cao học nội Nguyễn Đức Thuận) và giải 3 về Chỉ số phân biệt thể tai biến mạch máu não với chụp não cắt lớp (Nội trú nội Thái Nhân Sâm).
            - Năm 2000 cũng tại Hội nghị Khoa học Công nghệ tuổi trẻ  toàn quốc đạt giải nhất về đề tài chụp niệu quản- bể thận ngược dòng (học viên cao học ngoại Nguyễn Khoa Hùng).
            - Năm 2002 đạt 2 giải nhì tại Hội nghị Khoa học Công nghệ tuổi trẻ  toàn quốc về Các yếu tố nguy cơ nhiễm trùng trong phẫu thuật tim (Nội trú ngoại Phan Văn Thái) và về tương quan giữa hình ảnh chụp não cắt lớp vi tính và thang điểm Glasgow để chẩn đoán thể và ước lượng thể tích tổn thương ở bệnh nhân tai biến mạch não (Nội trú nội Tôn Thất Trí Dũng).
            - Năm 2004 Hội nghị Khoa học Công nghệ tuổi trẻ  toàn quốc đạt giải 3 về chụp mạch vành (học viên cao học nội Hồ Anh Bình).
            - Năm 2005 tại Hội nghị Pháp -Việt đã được một số giải thưởng về nghiên cứu khoa học đó là NCS Lê Thị Bích Thuận, Nguyễn Anh Vũ, Nguyễn Đức Hoàng và thạc sĩ Nguyễn Lưu Xuân Phương về những vấn đề nghiên cứu liên quan đến luận án, luận văn. Cũng trong năm này học viên cao học nội Hoàng Anh Tiến đã đạt giải thưởng về nghiên cứu khoa học tại Hội nghị khoa học Tim mạch Nhật Bản về đề tài BnP trong suy tim.
     Rõ ràng nghiên cứu khoa học của các học viên sau đại học đã đi sâu nghiên cứu nhiều khá cạnh khác nhau từ cộng đồng đến lâm sàng, cận lâm sàng tại bệnh viện. Đã thực hiện nhiều đề tài mang tính thời sự mà thế giới đang quan tâm hay cộng đồng đang cần tới. Đó là những hướng đi đúng không những góp phần làm giàu thêm kho tàng y học trong khu vực cũïng như cả nước,mà còn gắn kết chặt chẽ giữa lý luận với thực tiễn và nhằm chăm sóc bảo sức khỏe cho nhân dân ngày càng tốt hơn.
     Có được những thành quả trên đây là do sự chỉ đạo sát sao của Đảng ủy, Ban Giám hiệu, Phòng đào tạo Sau đại học, sự giúp đở tận tâm của quý thầy cô ở các Bộ môn Trường đại học Y Dược Huế, của Đại học Huế, sự nỗ lực vượt mọi khó khăn của các học viên Sau đại học, sự ưu ái của các bệnh viện và các Sở y tế.
      Rõ ràng nghiên cứu khoa học  là 1 trong 4 nhiệm vụ chính của một Trường Đại học. Cũng chính từ nghiên cứu khoa học mà thầy lẫn trò hiểu biết càng nhiều hơn, càng trưởng thành nhiều hơn, càng làm cho công tác đào tạo ngày một chất lượng hơn.
     Chúng tôi tin tưởng rằng với không khí hội nhập quốc tế, với sự năng động của thầy và trò của Trường Đại học Y Dược Huế sẽ đạt đựơc những thành tựu trong nghiên cứu khoa học nhằm phục vụ tốt hơn, hiệu quả hơn trong công tác đào tạo nguồn nhân lực tri thức đủ “Hiền -Tài” cho đất nước.